코스닥 시장 분리 독립 및 구조 개편의 전략적 필연성과 자본시장 선진화에 관한 심층 연구 보고서
자본시장 선진화의 패러다임 전환과 코스닥 시장의 위상 재정립
대한민국 자본시장은 2026년 현재 근본적인 체질 개선과 구조적 전환이라는 역사적 과제에 직면해 있다. 특히 코스닥 시장을 둘러싼 분리 독립 및 지주회사 체제 전환 논의는 단순한 조직 개편의 차원을 넘어, 국가 경제의 역동성을 회복하고 혁신 기업의 성장 사다리를 복원하려는 거시적 국가 전략의 핵심으로 부상하였다. 이러한 변화의 기폭제는 이재명 대통령이 제시한 '코스닥 지수 3000 시대', 즉 '삼천스닥'이라는 명확한 국가적 비전에서 비롯되었다.1 정부와 여당은 코스닥 시장을 한국거래소(KRX)의 단일 통합 체제에서 분리하여 별도 법인으로 독립시키거나, 지주회사 아래 자회사 형태로 재편함으로써 시장 간의 선의의 경쟁을 유도하고 각 시장의 특색에 맞는 전문성을 극대화하는 방안을 추진하고 있다.한국 자본시장 구조 개편의 역사적 변천 과정
2005년 통합 체제의 성과와 그 이면의 구조적 모순
2005년 단행된 증권시장 통합은 당시 한국 자본시장의 양적, 질적 성장을 도모하기 위한 전략적 선택이었다. 통합 초기에는 KOSPI와 KOSDAQ 지수가 각각 1,300포인트와 700포인트를 돌파하고 시가총액이 700조 원을 넘어서는 등 비약적인 성장을 거두었으며, 동북아 금융허브 구축이라는 국가적 목표를 달성하기 위한 길을 닦는 과정으로 평가받았다.4 정부는 산재해 있던 거래소 인프라를 통합함으로써 운영 비용을 절감하고, 선물과 현물 시장 간의 연계를 강화하여 시장의 효율성을 높이고자 했다.4 그러나 이러한 효율성 추구는 시간이 흐르면서 독점 체제에 따른 폐해를 낳기 시작했다.
가장 치명적인 문제점은 유가증권시장과 코스닥 시장이 동일한 지배구조 아래 놓이게 되면서 시장 간의 자율적인 경쟁이 사라졌다는 점이다.7 미국이나 유럽, 일본 등 선진 자본시장이 복수 거래소 간의 치열한 상장 유치 경쟁을 통해 서비스 질을 높이고 수수료를 인하하는 것과 달리, 한국거래소는 독점적 지위를 바탕으로 보수적인 운영 기조를 유지해 왔다.7 이는 특히 코스닥 시장의 상장 및 퇴출 기준이 유가증권시장과 차별화되지 못하고 그 부수적인 수준에 머물게 하는 결과를 초래했다.2 결과적으로 코스닥은 혁신 기업을 위한 특화된 서비스를 제공하기보다는, 코스피의 기준을 충족하지 못하는 기업들이 모이는 시장이라는 인식이 굳어지게 된 것이다.2
또한, 통합 체제 하에서의 코스닥 시장은 기업의 질적 관리에 있어서도 한계를 드러냈다. 실증 분석 결과에 따르면, 코스닥 기업은 유가증권시장 기업에 비해 발생액을 활용하여 보고이익을 관리하는 경향이 훨씬 강하게 나타나며, 특히 영업현금흐름이 저조한 경우 이러한 이익 조정 현상이 더욱 두드러진다.9 이는 코스닥 시장의 상장 유지 기준이 실질적인 기업 가치를 반영하기보다는 형식적인 재무 지표에 치우쳐 있어, 기업들이 상장 유지를 위해 장부상의 이익을 조작하려는 유인에 취약함을 시사한다.9 이러한 불투명성은 투자자들의 정보 비대칭성을 심화시키고 시장 전체의 밸류에이션을 저해하는 요소로 작용해 왔다.9
2026년 자본시장법 개정안의 핵심 논리와 지배구조 개편 방향
2026년 2월 4일 김태년 더불어민주당 의원이 대표 발의한 '자본시장법 개정안'은 코스닥 시장의 구조적 모순을 해결하기 위한 법적, 제도적 완결성을 지향한다.3 이 개정안의 핵심은 한국거래소를 지주회사 체제로 전환하고, 유가증권시장과 코스닥 시장을 각각 별도의 자회사로 분리하여 운영하는 것이다.3 이는 형식적인 조직 분리를 넘어, 코스닥 시장에 독자적인 인사권과 예산권을 부여함으로써 경영의 독립성과 책임성을 확립하려는 의도이다.3
개정안이 담고 있는 주요 구조적 변화 중 하나는 '독립적 시장감시법인'의 신설이다.3 복수 거래소 체제로의 전환 과정에서 발생할 수 있는 시장 감시의 사각지대를 해소하고, 불공정 거래에 대한 대응 역량을 강화하기 위해 시장 감시 기능을 거래소 본체에서 떼어내 독립적인 지위를 부여하려는 것이다.3 또한, 청산 및 결제 업무의 위탁 근거를 마련하여 인프라 운영의 효율성을 높이고, 상장 및 퇴출 규정을 대폭 강화하여 시장의 건전성을 제고하려는 계획을 포함하고 있다.3
무엇보다 주목해야 할 지점은 상장 규정 제정 시 금융위원회가 고시하는 기준을 반영하도록 명문화한 부분이다.11 이는 민간 기구인 거래소의 자율 규정에만 의존할 경우 발생할 수 있는 보수적 운영이나 이해관계 상충 문제를 극복하고, 정부의 혁신 드라이브를 상장 제도에 직접적으로 투영하기 위한 장치이다.11 이를 통해 기술력과 성장 잠재력이 높은 혁신 기업들의 상장 문턱은 낮추는 반면, 부실한 '좀비 기업'은 신속하게 퇴출할 수 있는 제도적 기반을 마련하겠다는 것이 개정안의 주요 골자이다.3
자본시장법 개정안에 따른 지배구조 변화 예측
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금융위원회의 '다산다사(多産多死)' 전략과 코스닥 혁신 방안
금융위원회는 2026년 핵심 과제로 '코스닥 신뢰·혁신 제고 방안'을 확정하고, 시장의 역동성을 회복하기 위한 전면적인 개편에 착수했다.6 이 방안의 철학적 배경은 '다산다사(多産多死)'로 요약된다. 즉, 유망한 벤처·기술 기업은 시장에 원활하게 진입할 수 있도록 문턱을 낮추되, 수익 모델을 상실하고 좀비화된 기업은 과감하게 퇴출함으로써 시장의 선순환 구조를 만들겠다는 것이다.3 이억원 금융위원장은 이를 "백화점에서 썩은 상품을 신속히 걷어내야 매력적인 신상품이 들어올 자리가 생긴다"는 비유로 설명하며 부실 기업 퇴출의 시급성을 강조했다.7
구체적인 진입 장벽 완화 대책으로는 소액공모 한도의 대폭 상향이 꼽힌다. 기존 10억 원이었던 소액공모 한도를 30억 원으로 3배 확대하여 비상장 및 중소기업의 자금 조달 부담을 덜어줄 계획이다.2 또한, 기업성장집합투자기구(BDC) 도입을 통해 일반 투자자들의 자금이 벤처 기업으로 흘러 들어갈 수 있는 통로를 넓히고, 토큰증권(ST) 인프라를 구축하여 조각 투자 등 새로운 형태의 자금 조달 수단을 제도권으로 흡수하려는 시도도 병행된다.2
반면, 퇴출 기준은 전례 없이 강화된다. 금융위원회는 코스닥 상장사의 상장 폐지 요건인 시가총액 기준을 단계적으로 끌어올리고 있다. 과거 40억 원 미만이었던 기준을 올해 150억 원으로 높였으며, 내년에는 200억 원, 장기적으로는 300억 원까지 확대하여 규모의 경제를 갖추지 못한 부실 기업을 걸러낼 방침이다.7 특히 매출액이 100억 원 미만인 경우 즉시 퇴출하는 등 강력한 정량적 기준을 적용하여 시장의 하향 평준화를 방지하고자 한다.7 이러한 강도 높은 구조조정은 단기적으로 상장사 수의 감소를 불러올 수 있으나, 장기적으로는 코스닥 시장의 펀더멘털을 강화하고 투자자들의 신뢰를 회복하는 결정적인 계기가 될 것으로 전망된다.7
시장의 투명성 제고와 투자자 보호를 위한 인프라 재설계
코스닥 분리 독립이 성공하기 위한 필수 전제 조건은 시장의 투명성과 공정성 확립이다. 금융위원회는 이를 위해 '주가조작 근절 합동대응단'을 상시 운영 체제로 전환하고, 시세 조종 및 미공개 정보 이용 등 불공정 거래에 대한 감시 수위를 높이고 있다.6 특히 내부자 거래를 원천 차단하기 위해 임원의 사기, 배임, 횡령 등 중요 전과에 대한 공시 의무를 강화하고, 미공개 정보를 이용한 단기매매차익의 반환 청구를 의무화하는 법적 장치를 마련했다.6
또한, 투자자 보호의 사각지대로 지적되어 온 합병 및 분할 제도에 대한 대대적인 수술도 진행된다. 기업 인수합병(M&A) 시 합병가액 산정 방식을 기존의 시장 가격 위주에서 자산 가치와 수익 가치를 종합적으로 고려한 공정 가액 중심으로 보완하여, 대주주에게 유리하게 산정되는 관행을 바로잡을 계획이다.6 특히 소액주주들의 반발이 컸던 물적 분할 후 재상장 문제에 대해서도, 모회사 주주에게 신설 회사 주식을 우선 배정하는 방안을 검토하는 등 주주 가치 제고를 위한 실질적인 대책들이 논의되고 있다.6
시장의 유동성과 전문성을 높이기 위한 금융 인프라 혁신도 가속화된다. 예탁결제원 외에 비상장 주식의 전자증권 등록을 전담하는 전문 기관을 허가하여 비상장 주식 거래의 투명성을 높이고, 벤처 기업과 투자업계 간의 정보 비대칭성을 해소하기 위한 실시간 정보 공유 플랫폼을 구축할 예정이다.2 이러한 조치들은 코스닥 시장이 상장 전단계부터 상장 이후까지 기업의 전 생애 주기에 걸쳐 투명하고 효율적인 자금 조달 인프라를 제공하는 혁신 자본시장으로 거듭나게 하는 핵심 동력이 될 것이다.2
코스닥 시장 투명성 및 신뢰 제고 핵심 정책 요약
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글로벌 벤치마킹: 일본의 시장 재편과 미국의 경쟁 모델
코스닥 분리 및 독립성 강화 논의는 글로벌 자본시장의 변화 흐름과 긴밀히 맞닿아 있다. 특히 일본의 사례는 한국에 중요한 시사점을 제공한다. 일본은 2013년 도쿄거래소와 오사카거래소를 통합하여 JPX 그룹을 출범시켰으나, 이후 시장 구분의 모호성으로 인해 세계 주식시장 시가총액 3위 자리를 위협받는 등 위기에 직면했다.8 이에 일본은 2022년 대대적인 시장 재편을 통해 시가총액과 거버넌스 수준에 따라 프라임(Prime), 스탠다드(Standard), 그로스(Growth) 시장으로 명확히 구분하고, 특히 PBR 1배 미만 기업에 대한 개선안 요청 등 강력한 거버넌스 개혁을 단행했다.8 이러한 일본의 '밸류업' 성공 사례는 코스닥 역시 단순한 시장 분리를 넘어 실질적인 기업 가치 제고를 위한 거버넌스 개혁이 병행되어야 함을 시사한다.10
미국의 나스닥(NASDAQ) 모델은 코스닥이 지향해야 할 경쟁과 혁신의 원형을 보여준다. 뉴욕증권거래소(NYSE)와 나스닥은 서로 독립된 법인으로서 유망 기업을 유치하기 위해 상장 수수료 인하, 심사 역량 강화, 마케팅 지원 등에서 치열하게 경쟁한다.7 이러한 경쟁 체제는 거래소 스스로 서비스 질을 높이게 만드는 강력한 유인이 되며, 결과적으로 투자자 보호와 시장 효율성이라는 두 마리 토끼를 잡는 결과로 이어졌다.7
한국의 코스닥 분리는 이러한 글로벌 표준에 부합하려는 노력의 일환이다. 과거 2005년의 통합이 효율성에 집중했다면, 2026년의 분리는 '전문화'와 '경쟁'에 방점을 둔다. 코스피와 코스닥이 서로 경쟁 관계에 놓이게 되면, 코스닥은 기술주 중심의 특화된 경쟁력을 갖추기 위해 상장 수수료를 인하하거나 심사 프로세스를 혁신하는 등 독자적인 생존 전략을 수립하게 될 것이다.7 이는 알테오젠과 같은 성장 기업들이 더 이상 코스피로의 이전 상장을 성장의 완성으로 여기지 않고, 코스닥 시장 내에서 지속적으로 잔류하며 시장의 대장주 역할을 수행할 수 있는 환경을 조성할 것이다.5
경제적 파급 효과 및 가치 평가(Valuation)에 미치는 영향
코스닥 시장의 독립적 운영은 시장 전체의 밸류에이션(Valuation) 상향이라는 경제적 파급 효과를 가져올 것으로 기대된다. 그동안 한국 자본시장의 고질적인 문제였던 '코리아 디스카운트'의 주요 원인 중 하나는 낮은 주주 환원율과 불투명한 거버넌스였다.10 금융위원회가 추진하는 자사주 소각 의무화 지원과 스튜어드십 코드 실태 점검 확대는 기업들이 자본 비용을 의식하고 ROE(자기자본이익률)를 향상시키려는 유인을 제공할 것이다.6
특히 '코리아 프리미엄 지수'의 도입과 기금운용평가 기준 개정은 기관 투자자들의 자금 유입을 촉진하는 결정적인 계기가 될 수 있다.6 기관 투자자들이 코스닥 기업에 대한 장기 투자를 확대할 경우, 개인 투자자 중심의 높은 변동성이 완화되고 시장의 안정성이 확보되는 효과를 낳는다. 이는 다시 외국인 투자자들의 접근성을 높여, 코스닥 시장이 글로벌 자금이 선순환하는 혁신 자본시장의 메카로 자리매김하게 할 것이다.6
학계의 연구에 따르면, 코스닥 기업의 이익 관리 행태는 시장의 신뢰도와 직결된다.9 분리 독립 이후 강화된 시장 감시와 퇴출 기준은 기업들이 장부상의 이익 조정보다는 실질적인 수익성 개선에 집중하게 만드는 환경을 조성할 것이다. 이러한 질적 개선은 코스닥 지수의 펀더멘털을 강화하여, 이재명 대통령이 공언한 '삼천스닥' 시대가 단순한 정치적 수사가 아닌 견고한 경제적 실체로서 실현될 수 있는 토대가 될 것이다.1
코스닥 시장 구조 개편에 따른 기대 효과 분석
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구조적 한계와 극복 과제: 지주회사 체제의 실효성 논란
코스닥 분리 독립을 향한 여정에는 여전히 해결해야 할 과제와 비판적 시각이 존재한다. 가장 큰 쟁점은 지주회사 체제 하에서의 '실질적 독립성' 여부이다. 일각에서는 한국거래소가 지주회사로 전환되고 코스닥이 자회사가 되더라도, 결국 인사권이나 예산권이 지주회사에 종속된다면 현재의 본부 체제와 무엇이 다르냐는 의문을 제기한다.7 형식적인 법인 분리가 운영의 실질적인 변화로 이어지지 못할 경우, 오히려 조직만 비대해지고 의사결정 속도는 늦어지는 부작용만 낳을 수 있다는 우려다.7
이러한 회의론을 극복하기 위해서는 법안 시행 과정에서 코스닥 자회사에 완전한 경영 자율권을 보장하는 세부 시행령과 거버넌스 구조가 마련되어야 한다. 또한, 금융위원회가 상장 규정에 대한 권한을 명시한 것이 자칫 '관치 금융'으로 흐르지 않도록 민간 전문가 중심의 코스닥시장위원회 구성 요건을 강화하고 투명성을 높이는 노력이 병행되어야 한다.6
아울러, 부실 기업 퇴출 가속화 과정에서 발생할 수 있는 소액주주들의 피해와 저항을 최소화하는 정교한 출구 전략도 필요하다. 단순히 기준을 강화하여 퇴출시키는 것에 그치지 않고, 상장 폐지 이후에도 장외 시장에서 주식이 원활하게 거래될 수 있는 인프라를 확충하고 기업 회생을 위한 체계적인 가이드라인을 제공해야 한다.6 코스닥 분리의 성공은 이러한 세밀한 정책 설계와 시장 참여자들과의 끊임없는 소통에 달려 있다고 해도 과언이 아니다.
자본시장 대도약을 위한 전략적 제언 및 결론
코스닥 시장의 분리 독립 및 구조 개편은 대한민국 자본시장이 선진화로 나아가기 위한 피할 수 없는 선택이다. 2005년의 통합이 양적 성장을 위한 '규모의 경제'를 추구했다면, 2026년의 분리는 질적 도약을 위한 '전문화와 경쟁'을 지향한다. 이재명 대통령이 제시한 '삼천스닥'의 목표는 단순한 지수 상승을 넘어, 우리 경제의 혁신 엔진인 코스닥 시장이 제 기능을 회복하여 국가 경쟁력을 견인해야 한다는 강력한 주문이다.1
성공적인 시장 개편을 위해서는 첫째, 코스닥 시장이 '기술·성장 기업 특화 시장'이라는 명확한 정체성을 가질 수 있도록 독자적인 상장 및 퇴출 표준을 정립해야 한다. 둘째, '다산다사' 원칙을 엄격히 적용하여 시장의 신뢰를 훼손하는 좀비 기업을 과감히 도태시키고, 그 빈자리를 미래 산업을 이끌 혁신 기업으로 채워야 한다.7 셋째, 지주회사 체제 하에서 실질적인 경영 독립성을 확보하여 코스피와 코스닥이 선의의 경쟁을 펼치는 역동적인 시장 생태계를 구축해야 한다.3
마지막으로, 모든 제도 개편의 중심에는 '투자자 보호'와 '주주 가치 제고'가 있어야 한다. 거버넌스 개혁을 통해 대주주와 소액주주의 이해관계를 일치시키고 투명한 시장 질서를 확립할 때, 비로소 국내외 투자자들은 코스닥 시장에 장기적인 신뢰를 보낼 것이다.10 2026년의 자본시장법 개정안 발의와 금융위원회의 혁신 방안은 이러한 대도약을 위한 소중한 첫걸음이며, 이를 완성하는 것은 정부와 정치권, 그리고 시장 참여자 모두의 공동 책임이다. 코스닥 시장의 분리가 대한민국 자본시장의 새로운 르네상스를 여는 열쇠가 되기를 기대한다.
참고 자료
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'삼천스닥' 향한 드라이브…부실기업 퇴출·코스닥 분리 법안 발의 - 조세일보, 2월 10, 2026에 액세스, https://m.joseilbo.com/news/view.htm?newsid=562506
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